La Unidad de Semillas en INIA Treinta y Tres tiene como objetivo principal la producción de semilla de categoría genética superior y de calidad física y fisiológica adecuada de variedades públicas y protegidas mantenidas por INIA, en volúmenes adecuados para abastecer la demanda del sector semillerista.
La investigación en tecnología y producción de semillas es otro de los objetivos y es realizada en conjunto con otros programas o en la Unidad misma.
La producción que dio origen a la unidad en Treinta y Tres es la de semilla básica de arroz. Actualmente se encarga de la multiplicación de las variedades El Paso 144, INIA Tacuarí, INIA Olimar, Parao, EEA 404. Además, se realiza la multiplicación de líneas promisorias del programa de mejoramiento de arroz que vienen siendo validadas en campos de productores.
La multiplicación de semillas de especies forrajeras como holcus (La Magnolia), festuca (Tacuabé y Aurora), trébol vesiculoso (GEC1 Sagit) y lotus maku también es realizada. A lo largo de la historia de la unidad fueron multiplicadas otras especies forrajeras y cuando la institución mantenía el programa de mejoramiento de soja se multiplicaba esta semilla.
La Unidad de Semillas cuenta para su cometido con un campo de producción de semillas adquirido por INIA en el año 2005, una planta de procesamiento de semillas y un laboratorio de semillas.