El sector forestal uruguayo ha tenido en los últimos 20 años un crecimiento exponencial, ha estado predominantemente orientado al cultivo de especies del género eucalyptus, que actualmente está rondando las 700.000 ha. El desarrollo de clones superiores mediante mejoramiento genético, es uno de los principales objetivos del sector forestal de nuestro país. Sin embargo, el desafío radica en cómo avanzar en la generación de progenies que reúnan simultáneamente características de interés económico, como crecimiento volumétrico, sanidad, propiedades físicas y químicas de madera, etc. La mayoría de estas características, tienden a ser poligénicas y tienen también un grado variable de influencia ambiental. En el contexto del mejoramiento genético tradicional, la evaluación de estos fenotipos va ligado a desarrollo morfológico de los mismos. A diferencia de lo que pasa en cultivos anuales, esto tarda años en las especies forestales. La selección basada en el fenotipo, insume entre 3 y 7 años en el mejoramiento forestal, dependiendo de la característica escogida. Los extensos tiempos generacionales, constituyen una gran limitante en el mejoramiento genético forestal. Los avances de la biotecnología, contribuyen a levantar esta limitante mediante la reducción de los tiempos de selección. Las poblaciones de mejora existentes en nuestro país son el resultado del mejoramiento genético tradicional, tienen más de 20 años de cruzamientos controlados, evaluaciones fenotípicas en cuanto a su crecimiento volumétrico y densidad de madera. Las mismas son un óptimo insumo para usarse como poblaciones de mapeo en la identificación de QTLs y regiones genómicas asociadas a características de interés productivo. Mediante el genotipado extensivo con microsatélites, se generará un mapa de ligamiento que se asociará con el fenotipo, mediante el uso de paquetes estadísticos y bioinformática.