La paratuberculosis o enfermedad de Johne es una enfermedad crónica de lento desarrollo, relevante desde el punto de vista productivo, que afecta entre otras especies a los rumiantes. Es causada por Mycobacterium avium ssp. paratuberculosis (MAP) y es transmitida horizontalmente por la ingestión de alimentos o agua contaminada por materia fecal de animales que eliminan el microorganismo, y a través del calostro y leche de animales infectados. La paratuberculosis tiene un largo período de incubación (2 a 5 años), y la infección se produce durante los primeros 6 meses de vida. Clínicamente se caracteriza por un cuadro de adelgazamiento progresivo acompañado frecuentemente de diarrea, que puede causar la muerte. La enfermedad causa importantes pérdidas económicas debido a disminución de la producción de leche, reducción de la eficiencia alimentaria, disminución de la grasa y proteína de la leche, reducción del peso al sacrificio, disminución de la fertilidad y aumento en la incidencia de mastitis. El control efectivo de la paratuberculosis bovina ha sido difícil globalmente en parte por la poca sensibilidad de las pruebas diagnósticas, la elevada persistencia de la bacteria en el ambiente y las dificultades en cuanto a la utilización de vacunas. Si bien es difícil erradicarla, diferentes estrategias de manejo pueden influir en la disminución de la prevalencia en un rodeo infectado. Una de ellas es detectar a los animales infectados en las etapas tempanas de la infección para evitar la diseminación del patógeno en el ambiente. Dado el carácter crónico y progresivo de esta enfermedad uno de los mayores desafíos en el control es detectar los animales positivos en etapas tempranas de la infección y poder evitar nuevas infecciones. En esta propuesta se desarrollarán herramientas moleculares dirigidas a detectar y cuantificar MAP en materia fecal, leche y el ambiente. Mediante la secuenciación y el análisis genómico de aislamientos locales se podrá inferir en la clonalidad y características de las MAP circulantes. Se determinará la factibilidad del uso de estas herramientas en futuros programa de control de la PTB.