Microbioma del suelo
Propósito del proyecto
Para las diferentes suelos y/o usos del suelo, aportar información sobre la diversidad de sus microbiomas, cómo ellos han sido afectados por la actividad agropecuaria e inferir las funciones que cumplen.
Resumen ejecutivo
Actualmente los sistemas de producción tienen una alta dependencia de la energía fósil lo cual los hace insostenibles. Para cambiar eso es necesario rediseñar nuestros sistemas de producción para garantizar sus servicios y funciones ecosistémicas (servicios de provisión, regulación y soporte). Ese rediseño implica entender el suelo como un sistema vivo y reservorio de una gran biodiversidad, el cual debemos preservar y promover su salud. Cerca del 90% de las funciones del suelo están mediadas por los microorganismos (Jansson and Hofmockel, 2020), y para rediseñar los agroecosistemas debemos entender: a- cuánto ha cambiado el microbioma del suelo del Bioma Pampa por el uso agropecuario y b- cómo las diferentes prácticas/manejos agronómicos impactan en el microbioma del suelo y consecuentemente en los servicios que provee. Para responder estas preguntas se abordará el estudio conjunto de la información ya generada de biodiversidad microbiana del suelo en los ELPs de INIA, de forma de cubrir diversos sistemas productivos y practicas asociadas. Las principales actividades del proyecto se centrarán en: i- estudio del cambio en el microbioma del suelo por diferentes prácticas agronómicas mediante secuenciación de regiones de los genes 16S (procariotas), ITS (hongos) y 18S (micorrizas), a partir de muestras de suelos de los ELP de INIA; ii-reanálisis (meta-análisis) de datos de microbioma de suelo ya disponibles en el país (secuencias de amplicones, secuencias shotgun), para entender los principales factores que afectan su abundancia y diversidad (variables climáticas, variables edáficas, del tapiz vegetal, el uso del suelo, entre otras)así como explorar potenciales cambios funcionales, iii-estudios fenotípicos de las colecciones de bacterias obtenidas en los ELP de Las Brujas y Palo a Pique para el desarrollo de consorcios microbianos sintéticos (SynCon) que contribuyan a entender el rol de los microorganismos en la promoción de la salud y nutrición de los cultivos, su tolerancia al estrés hídrico y su aporte a la formación de agregados del suelo, iv- identificar potenciales microorganismos/comunidades microbianas indicadoras del "estado" de los sistemas.
En todas las actividades se trabajará en articulación con Instituciones nacionales (UdelaR, IPasteur-Montevideo) e internacionales (JKI, iDiv, RResearch, Red SOILBON, UBA). Dentro de este proyecto se enmarca la nueva colaboración INIA-JKI que fuera aprobada recientemente por la cooperación alemana y se continúa la colaboración con Rothamstead Research. A su vez se formalizan las colaboraciones con redes internacionales (SOILBON) enfocadas al estudio de la biodiversidad del suelo y con el iDiv para el fortalecimiento en métodos de reanálisis de datos y la conformación de un consorcio regional (asentado sobre el Bioma Pampa) para el re-análisis de datos del microbioma del suelo. También tiene una fuerte apuesta a la formación de capacidades nacionales (estudiante de doctorado y maestría, instancias de capacitación generales en bioinformática, bioestadística y análisis de big data).
Equipo técnico INIA
SILVIA GARAYCOCHEA
ANDRES HIRIGOYEN
CAROLINA LEONI
JUAN QUINCKE
PABLO ROVIRA
JOSE TERRA
Equipo técnico externo
Adriana Montañez
Ana Fernandez Scavino
Andrew Neal
Diego Michelini
Doreen Babin
Eva Figuerola
Hector Romero
Kornelia Smalla
Lucía Ferrando
María Morel Revetria
Pablo Fresia
Patricia Vaz Jauri
Stephanie Jurburg
Instituciones participantes
Helmholtz Centre for Environmental Research - UFZ
IPM
JKI
Rothamsted Research
UBA/ Facultad de Ciencias Exactas y Naturales
UdelaR/ FAGRO
UdelaR/FCien
UdelaR/FQuím