Las enfermedades de tallo y vaina de arroz (causadas por Nakataea oryzae, Waitea oryzae y Rhizoctonia oryzae-sativae) son causadas por patógenos de suelo que infectan el tallo del arroz durante la fase de inundación del cultivo. Estas, son enfermedades de sistemas intensificados ya que sus agentes causales producen esclerocios, estructuras de resistencia que permanecen en los suelos durante años y se acumulan con cada fase de cultivo. Estas condiciones pueden causar pérdidas de rendimiento del 25% y de calidad de grano, por reducción de tamaño y por partido. No se conocen genes de resistencia para estas enfermedades, y desde la liberación de cultivares resistentes a brusone (Pyricularia oryzae), como INIA Merín, se han transformado en las principales patologías del cultivo. La principal medida de manejo disponible para estas enfermedades es la utilización de fungicidas, lo que provoca incremento de costos de producción y riesgo ambiental. Por lo tanto, determinar factores de riesgo de ocurrencia de estas enfermedades en situaciones productivas, conociendo el nivel de inóculo en determinados sistemas, puede contribuir a un mejor manejo de estas patologías. El objetivo de este proyecto es contribuir al manejo integrado de estas patologías produciendo información que permita predecir la ocurrencia (incidencia y posterior severidad) de estas patologías en sistemas de rotaciones arroceras y así determinar las situaciones óptimas de uso de fungicidas. Los objetivos específicos son a) ajustar un método de detección y cuantificación de enfermedades de tallo y vaina en suelo mediante PCR a tiempo real (qPCR), y b) determinar situaciones productivas, por carga de inóculo y probabilidad de desarrollo de la enfermedad, en que sea necesaria una estrategia de manejo químico de la enfermedad. Para el cumplimiento de los objetivos se diseñarán primers y se realizará un ajuste de la técnica qPCR para detección y cuantificación de enfermedades de tallo y vaina de arroz (podredumbre de tallo y manchas de las vainas) en suelo. Una vez diseñado los primers y ajustada la técnica se evaluarán diferentes muestras de suelos de situaciones contrastantes del experimento de largo plazo (ELP) de rotaciones arroceras de Paso de la Laguna. En este ELP se evalúa las incidencia y severidad de estas enfermedades desde 2012 por lo que se posee un conocimiento detallado de la ocurrencia de estas patologías en varias situaciones productivas, de manejo y rotación. Posteriormente se realizará un análisis de situaciones similares de rotaciones arroceras para cuantificación de inóculo en suelos obtenidos de predios comerciales. La información generada permitirá, a) generar información sobre riesgo de ocurrencia de enfermedades de tallo y vaina en cultivos de arroz bajo diferentes manejos y rotaciones, b) correlación de niveles de inóculo en suelo con severidad en cultivo bajo diferentes manejos para la recomendación de uso de control químico, y c) desarrollo y ajuste de técnica para establecimiento futuro de servicio de diagnóstico y cuantificación de patógenos de suelo en cultivos de arroz.