Uruguay es un país referente a nivel mundial por la calidad de sus carnes y sus sistemas de producción. El sistema ganadero predominante de cría a cielo abierto, con base pastoril, sin el agregado de proteínas animales y antimicrobianos en su alimentación, así como también un uso restringido de antimicrobianos en los animales dolientes y cumpliendo las bases del bienestar animal, le han permitido atender las demandas de los consumidores y el ingreso a determinados mercados con alto grado de exigencia. Mantener este estándar a través de caracterizar factores que afectan negativa o positivamente a los animales y por lo tanto la capacidad productiva tendrá un impacto directo en nuestra economía. Recientemente ha quedado claro el papel del microbioma intestinal en la salud de los animales, en concreto, la correlación entre los microorganismos intestinales y la fisiología, el metabolismo y la inmunidad de los hospederos. Así como la dispersión microbiana en la interfaz hombre-animal es otro aspecto importante de las interacciones entre los humanos, animales y ambiente que incide directamente en la salud. Históricamente, gran parte del interés por la exposición microbiana en la interfaz humano-animal se ha centrado en los patógenos, especialmente en las zoonosis. Sin embargo, el contacto con microorganismos comensales y/o beneficiosos ha sido considerado menos frecuentemente y es probable que la propagación de microorganismos no patógenos sea igualmente importante para comprender aspectos de la salud humana y animal. La diversidad de interacciones ambiente-animal-humano generan distintas oportunidades de dispersión microbiana contribuyendo a moldear el microbioma asociado con las poblaciones humanas y animales, así como con distintos ambientes. De esta forma, es importante comprender estas interacciones y su variación, ya que pueden subyacer a diferencias en el funcionamiento microbiano que a su vez contribuyen a diferencias poblacionales. En las últimas décadas, diversos factores han generado que haya un solapamiento a diferentes niveles entre humanos y animales, el cual también ha tenido un impacto evidenciado a través de alteraciones del ecosistema. Este solapamiento ha generado un mayor riesgo de transmisión de enfermedades zoonóticas por lo que es clave el enfoque de “Una Salud”. Este escenario de interacciones ambiente-humano-animal representa un desafío adicional, algunos antimicrobianos utilizados en el sistema de engorde de ganado a corral, así como en el sistema avícola, son de importancia crítica para la salud humana. Entender los riesgos para la salud humana y animal, así como mantener y/o mejorar los sistemas de producción de acuerdo a los estándares de calidad ya alcanzados requiere investigar las comunidades de microorganismos y los genes de resistencia a antimicrobianos (RAM) en el ganado, suelo y agua, y comparar con bases de datos de humanos ya generadas en el Institut Pasteur de Montevideo. Además, evaluar la presencia de agentes patógenos, su origen, vías de diseminación, su resistoma y cómo se interrelacionan con el ser humano y el ambiente, permitirá disponer de información para diseñar estrategias de vigilancia y mitigación que nos permitan mantener nuestro status a nivel mundial. En el contexto global actual, el concepto “Una Salud” integra aspectos epidemiológicos moleculares que se suman a la comprensión de la evolución o las bases moleculares de RAM y su parentesco entre patógenos, huésped (humano/animal) y el entorno asociados a escala mundial. Frente a este escenario, es importante investigar el microbioma asociado a los distintos sistemas ganaderos de la cuenca del Río Santa Lucía, por un lado para investigar el perfil y dinámica de las comunidades de microorganismos asociados a cada sistema, así como de los genes RAM y por otro para buscar entender el impacto de esta actividad sobre el entorno.