El uso de técnicas de secuenciado masivo de ADN (gen 16S y metagenómica) y ARN (metatranscriptómica) en comunidades bacterianas (microbiomas) es cada vez más común en el ámbito de investigación. Sin embargo, existen desafíos metodológicos fundamentalmente durante la extracción de material genético en distintos tipos de muestras, así como durante el análisis bioinformático y estadístico de las secuencias obtenidas. El presente proyecto corto apunta a desarrollar metodologías acordes a la infraestructura en laboratorios nacionales, en este caso con énfasis en el campus interinstitucional INIA-CURE en Treinta y Tres, para la extracción de ADN/ARN bacteriano y desarrollar análisis bioinformáticos de fácil uso e interpretación por parte de investigadores con formación biológica. Dicho objetivo se cumple utilizando muestras de heces y rumen de animales bajo un diseño experimental sencillo que adicionalmente permite generar información científica preliminar. Tanto las metodologías validadas (protocolos disponibles) como la información generada (generación de nuevas hipótesis) en el presente proyecto corto podrán ser utilizadas como referencia durante la elaboración de proyectos similares pero de mayor escala en futuros fondos competitivos.