El arroz es uno de los principales cultivos del Uruguay, representando el 6.2% del valor nacional de exportación. Por esta razón, el aumento de la productividad de manera sostenible, de productos de alta calidad, es de gran relevancia. Actualmente, el principal obstáculo es el limitado crecimiento del potencial de rendimiento, que ha reducido la brecha entre éste potencial y los rendimientos alcanzados por productores de punta. La única forma de revertir esta situación es mediante la generación de variedades de mayor potencial de rendimiento, objetivo fundamental del Programa de Merjoramiento de Arroz de INIA. Con este fin, el programa ha definido la incorporación de nuevas herramientas genómicas que permitan acelerar la generación de nuevas variedades de mayor rendimiento potencial y mayor resistencia a las principales enfermedades del cultivo, mejorando en los parámetros de calidad industrial y de cocción. El proyecto de mapeo asociativo en arroz tiene como objetivo la identificación de marcadores moleculares asociados a características del cultivo que son objetivo del programa de mejoramiento. El MA explota las variaciones naturales encontradas en una especie y en este caso en particular, de líneas de un programa de mejoramiento. De esta forma, descubre marcadores ligados a genes que controlan la característica deseada y en especial, a características de herencia cuantitativa. Dentro de los objetivos del programa de mejoramiento, las características seleccionadas para la búsqueda de marcadores asociados son: rendimiento, características de crecimiento y fenología, respuesta a enfermedades y calidad de cocción e industrial. Los genotipos a analizar son 600 líneas de los ecotipos índica y japónica tropical, del Programa de Mejoramiento de Arroz de INIA que se encuentran en los primeros años de evaluación. Estos materiales se genotiparán utilizando la técnica de Genotipado por secuenciación (GBS del inglés, Genotyping by Sequencing) y se establecerá una pipeline de análisis para buscar marcadores SNP (Single Nucleotide Polymorphism). Los materiales se fenotiparán para rendimiento, peso de 1.000 granos, ciclo a floración, altura de de inserción de la panículo, largo de hoja bandera, IAF a floración, yesado del grano, contenido de amilosa, dispersión en álcali, resistencia a enfermedades del tallo (Sclerotium oryzae, Rhizoctonia oryzae y Rhizoctonia oryzae-sativae) y resistencia a brusone (Pyricularia oryzae). A partir de datos genotípicos y fenotípicos se implementarán los modelos estadísticos adecuados para la determinación de la estructura de las poblaciones y para el análisis de asociación carácter-fenotipo.