El uso de marcadores moleculares se ha convertido en las últimas décadas en una herramienta tecnológica de apoyo muy importante en el mejoramiento genético. Por intermedio del convenio de cooperación que mantiene el Area Forestal del INIA (Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria) y JICA (Agencia de Cooperación Internacional del Japón) se logró por parte de esta última la donación de los equipos necesarios y la capacitación básica para realizar análisis de ADN basado en PCR (Reacción en Cadena de la Polimerasa) variante RAPD. Se describe la metodología adoptada y su verificación operacional a los efectos de disponer de una herramienta de apoyo para realizar las diferentes aplicaciones prácticas de los marcadores moleculares en el Plan de Mejoramiento Genético del Programa Nacional Forestal. Con el apoyo de un Experto de Corto Plazo enviado por JICA, se comenzó paralelamente al estudio de caracterización individual de clones (fingerprinting) de Arboles Plus de Segunda Generación de Eucalyptus grandis, el cual se encuentra en su fase inicial al momento de esta publicación. El mencionado estudio se inició con la identificación a nivel molecular de 20 clones promisorios seleccionados en base a características destacables en crecimiento, forma, sanidad y calidad de madera. Palabras clave: Marcadores moleculares; PCR; RAPD; fingerprinting.