El Fondo INNOVAGRO, es un fondo sectorial creado en el marco del Acuerdo de Cooperación firmado entre el Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria (INIA) y la Agencia Nacional de Investigación e Innovación (ANII) cuya administración fue asumida por la ANII. El fondo  se dedica a la promoción de las actividades de Investigación, Desarrollo Tecnológico e Innovación en el Área Agropecuaria e Agroindustrial, a través de la financiación de proyectos. El objetivo general es promover la resolución de problemas actuales o que deriven de estudios prospectivos para el desarrollo de oportunidades de las cadenas agroindustriales, preferentemente exportadoras. En tal sentido se financiarán proyectos de investigación orientados a temáticas estratégicas definidas para cada convocatoria pública así como proyectos de innovación demandados por el sector productivo.

Este fondo constituye una herramienta de apoyo a la formulación y ejecución de proyectos de investigación en temáticas a desarrollar con interés estratégico emanadas del Gabinete Ministerial de la Innovación, del Gabinete Productivo y del Consejo Coordinador de Tecnología Agropecuaria (CCTA).

El 22 de Diciembre de 2008, se celebró entre la Agencia Nacional de Investigación e Innovación (ANII) y el Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria (INIA), un acuerdo de Cooperación con varios objetivos específicos. Uno de ellos establece la creación y financiamiento de un Fondo Concursable Sectorial Agropecuario/Agroindustrial. A esos efectos el INIA transferirá anualmente hasta un 30% de los fondos provenientes del Fondo de Promoción de Tecnología Agropecuaria (Art. 18, ley 16.065 de 6/10/89). La ANII aportará a dicho Fondo al menos equivalentes a los fondos aportados por el INIA. El documento “Reglamento Operativo” recoge las definiciones de política acordadas entre ambas instituciones para la implementación del Fondo y la realización de las convocatorias en el marco del mismo en términos de objetivos, diseño conceptual y operativo.