Los Grupos de Trabajo colaboran en la identificación de problemas tecnológicos en la producción y la priorización de los temas a ser abordados por la investigación. Realizan un seguimiento de los objetivos de los proyectos de investigación y de los avances logrados, ya sea por proyectos del INIA, por proyectos FPTA, o de otro tipo. Los delegados aportan ideas sobre la forma de encarar la difusión de los resultados, opinando sobre los Planes Anuales de Difusión y colaborando a nivel de organizaciones e instituciones en la realización de las actividades de difusión.

Con relación a los GT de INIA Las Brujas, originalmente se establecieron en los rubros Horticultura, Fruticultura, Papa, Viticultura y Animales de Granja. Este último se fue abriendo por rubros, y sucesivamente se crearon los respectivos subgrupos.

En algunos casos, estructuras creadas en ámbitos externos al INIA sustituyeron en su función a los GT, como en el caso de Mesas de rubros hortícolas creadas por PREDEG y las Comisiones Sectoriales del MGAP en Avicultura y Cerdos. El objetivo perseguido en estos casos fue mejorar la representatividad y aprovechar la fuerza que les confería un marco organizativo más sólido y con objetivos más amplios, lo que les da mayor continuidad de funcionamiento.