Uno de los ejes de la política de cooperación internacional de INIA es reconocer la importancia estratégica de desarrollar y mantener una fuerte y activa vinculación con los actores regionales e internacionales de Ciencia, Tecnología e Innovación de mayor relevancia a nivel mundial.

Con esta premisa ha participado como representante titular de Uruguay en FONTAGRO el Dr. José Luis Repetto (integrante de la Junta directiva de INIA).

FONTAGRO fue creado en 1998 con el objetivo de contribuir al manejo sostenible de los recursos naturales, la mejora de la competitividad y la reducción de la pobreza, mediante el desarrollo de tecnologías e innovaciones de relevancia para la sociedad de sus países miembros.

Uruguay ha sido parte de FONTAGRO desde su creación, durante los 18 años de membresía ha liderado 9 consorcios y ha participado como miembro de otros 26.

Los proyectos han abarcado investigación y desarrollo tecnológico en ganadería, arroz, trigo, papa, cebada, cítricos, manzanos, forrajes, manejo de riesgos, uso del agua y producción orgánica, entre otros.

Entre los grandes logros de esta activa cooperación, se destacan el Proyecto regional "Intensificación Sustentable de la lechería", liderado por INIA Uruguay, y las oportunidades de generación de capital humano y capacitación a través de becas.

Del 29 de setiembre al 1 de octubre se llevó a cabo en Buenos Aires, la XX Reunión Anual del Consejo Directivo de FONTAGRO, con la participación de  representantes de más de 15 países, para discutir distintos aspectos e inversiones relacionadas con la investigación e innovación agropecuaria. En ese marco, y al finalizar su periodo de mandato, se agradeció al Dr. Repetto su fructífera labor como Presidente del Consejo Directivo. En la reunión, Repetto resaltó la "unidad de los países" que trabajan mancomunados en FONTAGRO para mejorar la agricultura familiar en sus países.​