La papa (Solanum tuberosum) es el tercer cultivo alimenticio más importante a nivel global. Sus niveles de diversidad se han reducido por la domesticación y la selección, aunque existen recursos genéticos diversos en su pool génico terciario. Uruguay es centro de diversidad de S. commersonii y S. chacoense. Estas especies poseen resistencia a varias enfermedades de la papa, tolerancia a frío, calor y sequía, pudiendo aportar además diversidad genética y adaptabilidad general. Ambas especies están siendo utilizadas por INIA en un programa de mejoramiento por introgresión para incorporar resistencia a Marchitez Bacteriana, causada por R. solanacearum, segunda enfermedad en importancia a nivel global. En este programa se está obteniendo germoplasma resistente avanzado, con características agronómicas favorables, constituido por híbridos interespecíficos y retrocruzas derivadas. Sin embargo se ignora el grado de colinearidad existente entre los genomas de estas especies y el de la papa, lo que facilitaría la predicción del éxito de la introgresión. Este proyecto estudiará la correlación entre los mapas genéticos y citogenéticos de S. tuberosum, S. chachoense y S. commersonii y se evaluará la sintenia entre ellos usando hibridación in situ fluorescente con BACs (BAC-FISH). Se obtendrá un borrador del genoma completo de S. chacoense, que sumado al que se obtendrá para S. commersonii permitirán realizar mapeo comparativo con el genoma de referencia de S. tuberosum por análisis bioinformáticos para evaluar sintenia y detectar genes ortólogos y especie-específicos. Además permitirá generar un alto número de marcadores altamente variables, que podrán ser utilizados para generar un mapa genético que permita asociar marcadores SNPs a QTLs de interés. Por último, se realizará el genotipado y fenotipado en una población de S. commersonii con el fin de buscar asociaciones que faciliten la introgresión de la resistencia en el germoplasma de papa.