El método biológico de control de enfermedades más antigüo es una rotación de cultivos. Sus efectos son observables tanto en el control de patógenos infectantes de raices como en los órganos aéreos. En Brasil, la potencialidad de rotación ha sido investigada principalmente, el control de enfermedades de cultivos de invierno como trigo, cevada, triticale y tremoço. Los resultados obtenidos son tan evidentes que esta práctica forma parte de las recomendaciones oficiales de la investigación para aquellos cultivos. Todos los patógenos necrotróficos que sobreviven en los restos de cultivares, que tengan baja habilidad de competición saprofítica, que no presentan estructuras de resistencia, que no presenten esporas grandes y o pesadas (Bipolaris e Drechsiera) o que sus esporas sean diseminadas vehiculizadas en gotitas de agua (Septoria y Colletotrichum) son controlables por la rotación de cultivos. Al principio del control envuelto en esta práctica y la eliminación de la fuente nutricional del patógeno, en el período de entrezafra, por descomposición microbiana los restos cultivares del huesped. Así mismo, el patógeno es sometido a un estress nutricional que lo lleva a su muerte. La rotación de cultivos actúa por tanto, sobre la fuente de inóculo primario En el Brasil, la potencialidad de control de enfermedades de plantas por la rotación de cultivos no ha sido debidamente estudiada y explorada.