RESUMEN El Programa de Mejoramiento Genético de Trigo (PMGT) de INIA tiene como objetivo principal liberar cultivares adaptados a las condiciones locales, dirigiendo los esfuerzos de mejoramiento hacia características de importancia agronómica como rendimiento, calidad de grano, estreses bióticos y abióticos. La selección fenotípica (SF) por estas características ha sido responsable de los avances en mejoramiento durante los últimos 100 años del programa. Las limitantes de la SF como herramienta única y el gran avance en el área molecular han conducido a la aplicación de diversas herramientas moleculares como ser la selección asistida por marcadores (SAM) y la selección genómica (SG), entre otras. En los últimos años se han incorporado este tipo de herramientas de mejoramiento al PMGT con el fin de incrementar la eficiencia de selección y acortar los tiempos que requiere la liberación de nuevas variedades. En particular, se ha abocado a la búsqueda y utilización de marcadores moleculares asociados a resistencia a enfermedades como roya de la hoja, roya de tallo y fusariosis de la espiga. Por otro lado, el avance en las técnicas de secuenciación masiva ha permitido la incorporación de técnicas como genotipado por secuenciación con el fin de seleccionar por caracteres cuantitativos como rendimiento, calidad de grano y resistencia a enfermedades. A futuro, los objetivos se enfocarán en la estandarización del uso de marcadores moleculares (i.e. chips) y en combinar SAM y SG con el fin de potenciar la selección dentro del PMGT.