En este informe se plantean los resultados del proyecto ?Mapeo asociativo para la identificación de marcadores asociados a rendimiento, calidad y resistencia a enfermedades en la población de mejoramiento de arroz de INIA?. Este proyecto tiene como objetivo identificar marcadores moleculares, SNP (del inglés, Single Nucleotide Polymorphism) para ser utilizados en selección asistida por el programa de mejoramiento, de manera de mejorar más rápidamente para características de calidad (yesado, grano entero y blancura de grano) y resistencia a enfermedades del tallo (Rhizoctonia oryzae-sativae y Sclerotium oryzae). En este reporte se presentaran los resultados para caracteres de calidad y fisiológicos. A partir de los datos de secuenciación parcial del genoma de 665 líneas del programa de mejoramiento se identificaron los 57400 SNPs y se procesaron los datos fenotípicos para los caracteres de interés como fue reportado en la Serie Técnica de Difusión de Arroz (2013).