Los microorganismos del suelo, principalmente hongos, bacterias y protistas, cumplen múltiples funciones que van desde la descomposición de los restos vegetales, simbiosis con plantas, hasta relaciones de patogenicidad. Asimismo, los microorganismos son considerados un indicador muy sensible de la salud y calidad del suelo. En los sistemas agrícolas las comunidades de microorganismos de suelo responden dinámicamente a las medidas de manejo y estás modificaciones pueden ser evaluadas en mejor forma que con otros indicadores, como el contenido de C. Además, una de las consecuencias más importantes de la intensificación agrícola es la pérdida de diversidad, con la consecuente reducción de servicios y funciones (agro)ecosistémicas. Incrementar la diversidad de cultivos, a través de la rotación, puede disminuir las consecuencias negativas al restaurar las interacciones suelo-planta. Sin embargo, existe escaso conocimiento sobre esta dinámica, y sobre todo referidas a las comunidades microbianas de suelo y el rol que estos cumplen. Asimismo, si bien existe mucha información sobre otros sistemas agrícolas, como cultivos de secano y pasturas, menos se conoce sobre esta dinámica en el cultivo de arroz (inundado) y su interacción con otros cultivos y pasturas. En el presente proyecto, se busca generar la primera información, o línea de base, sobre la diversidad de las comunidades de microorganismos asociados a suelos con cultivos de arroz y sometidos a diversos niveles de intensificación de cultivo. Asimismo, se buscará comparar las comunidades presentes en diversas rotaciones de arroz con pasturas y otros cultivos de secano. Para ello, el estudio se basará en el análisis de la diversidad de microorganismos en suelos del Experimento de Largo Plazo de Arroz, pasturas y otros cultivos de Paso de la Laguna luego de un ciclo completo de rotación de cultivos (6 años) mediante una aproximación en estudios de metagenómica. Además, a través de este proyecto se busca fijar las bases y formar un grupo multidisciplinario e interinstitucional para futuros estudios de la microbiología de suelos con cultivo de arroz inundado. Esto permitirá obtener información sobre la funcionalidad y sustentabilidad de estos suelos a largo plazo cuando son sometidos a diferentes medidas de manejo e intensificación del cultivo.