Los efectos del cambio climático, han provocado en la actualidad, una mayor variabilidad ambiental y una mayor frecuencia e intensidad de problemas bióticos y abióticos sobre diversos cultivos. El aumento de la incidencia de enfermedades, una mayor exigencia a favor de hortalizas obtenidas en sistemas más amigables con el medio ambiente y mayores exigencias de inocuidad por parte de los consumidores, favorecen el uso de la resistencia genética como estrategia de control integrado de enfermedades. Para obtener cultivares adaptados a los sistemas de producción locales y al estrés biótico impuesto por las condiciones ambientales, es necesario contar con genotipos resistentes. En esta propuesta, se plantea poner a punto técnicas para la implementación del uso de marcadores moleculares asociados a genes de resistencia conocidos para enfermedades de tomate y frutilla que afectan a estos cultivos en nuestra región. También se realizará la evaluación de la efectividad de los genes de resistencia, asociados en los materiales locales de los programas de mejoramiento genético de INIA para dichos cultivos. Para el caso de tomate, se evaluarán marcadores moleculares asociados a genes de resistencia para enfermedades virósicas, fúngicas, bacterianas y de nematodos. Para frutilla se ajustarán protocolos para marcadores moleculares asociados a resistencia a antracnosis y se realizará una búsqueda de marcadores moleculares potenciales para la resistencia a oídio. Finalmente, se propone analizar la diversidad génica que existe entre las poblaciones del sur y del norte del proyecto de mejoramiento de frutilla, aspecto de interés para evaluar la potencialidad de obtener genotipos novedosos.