RESUMEN La organización de los sistemas agrícolas requiere la verificación de la identidad y pureza genética de los cultivares. El aumento en el número de cultivares de soja a ser evaluados y su estrecha base genética dificulta su identificación mediante evaluación de descriptores fenotípicos. La Unión Internacional para la Protección de las Obtenciones Vegetales (UPOV) ha reconocido la utilidad de marcadores moleculares asociados con caracteres fenotípicos descriptivos. Con el objetivo de desarrollar ese tipo de marcadores, se seleccionaron in silico seis SSR génicos o genómicos (Sat286, Satt229, GmPrx1, GMES1173, Satt571 y GmHi), más dos marcadores previamente reportados (GmF35H y SoyF3H). Todos fueron evaluados en 35 cultivares de soja. Los SSR seleccionados para peroxidasa en testa y color de hilo (GmPrx1 y GmHi) fueron monomórficos. El contenido de información polimórfica (PIC) promedio del conjunto de marcadores polimórficos fue 0,48, con una media de 3,12 alelos por locus. GmF35H discriminó las variedades de acuerdo al color de flor (blanca y violeta). El análisis discriminante determinó alto porcentaje de clasificación correcta para el carácter hábito de crecimiento (95,8%) y color de pubescencia (80,6%), utilizando Sat286 y SoyF3H respectivamente. Los valores de clasificación para color de vaina (74,2%) y tamaño de folíolo (73,5%) fueron intermedios, utilizando GMES1173 y Satt571 respectivamente. El marcador Satt229 no resultó discriminante para ciclo a floración (50%) y maduración (42,8%). Los marcadores moleculares seleccionados dentro o cercanos a secuencias de interés pueden ser integrados a un sistema de identificación genética de variedades de soja como complemento a los descriptores fenotípicos clásicos.